De organisatie van het honoursonderwijs is deels bij de faculteiten belegd en deels bij de Honours Academy. De Honours Academy is verantwoordelijk voor het organiseren van al het extracurriculaire honoursonderwijs voor vwo-scholieren en masterstudenten. Het extracurriculaire honoursonderwijs voor bachelorstudenten wordt grotendeels vanuit de faculteiten georganiseerd. De Honours Academy draagt zorg voor de boven-facultaire organisatie van het Honours College. Daarnaast organiseert de Honours Academy ook de helft van de bachelor Honours Classes.
De Honours Academy is gevestigd in de Oude Sterrewacht. In 2022 verzorgden zeventien medewerkers en zeven student-assistenten de organisatie van het honoursonderwijs. Het team bestaat uit zes programma-Honours teams die voorzien in onderwijs- en onderzoeksondersteuning (onderwijscoördinatoren), studentgerichte ondersteuning (programma-assistenten) en administratieve ondersteuning (student-assistenten). Daarnaast is er ICT- en managementondersteuning in de vorm van functioneel beheerder en een officemanager. De redactie (redacteur en communicatiemedewerker) van de Honours Academy draagt zorgt voor de communicatie-uitingen en informatievoorziening naar studenten, medewerkers, partners en externen toe. De Dean (gedetacheerd vanuit het LUMC), de onderwijsdirecteur (overig WP), portefeuillehouder bedrijfsvoering (OBP) en assessor (student-assistent) geven als bestuur invulling aan de strategische en tactische koers van de Honours Academy.
Het team van zeventien medewerkers (13,20 fte) en zeven student-assistenten biedt ondersteuning aan ruim 250 docenten. Deze docenten zijn grotendeels werkzaam bij de faculteiten van de Universiteit Leiden en verzorgen colleges, seminars, (vaardigheids)trainingen, werkgroepen, projectcoaching en ander interactief onderwijs voor zo’n 1700 bachelor- en masterstudenten en 500 scholieren. Docenten zijn altijd zeer enthousiast om onderwijs te verzorgen voor deze doelgroep, vanwege de gemotiveerde studenten en de hoge mate van autonomie om vorm te kunnen geven aan inhoud en didactiek. Echter, de werkdruk vanuit reguliere opleidingen maakt dat docenten steeds moeilijker tijd kunnen maken voor honoursonderwijs. De Honours Academy zal werken aan structurele manieren om innovatieve docenten aan zich te binden en de kans te geven hun inspirerende ideeën tot uitvoer te brengen.
De zeven faculteiten organiseren de facultaire trajecten van het Honours College. Dit honoursonderwijs is gericht op bachelorstudenten. Iedere faculteit heeft een profileringshoogleraar, die boegbeeld is van het honoursonderwijs binnen de betreffende faculteit. De facultaire onderwijscoördinatoren organiseren en coördineren het honoursonderwijs binnen het Honours College. Ten behoeve van de werving en het onderhouden van contact met bachelorstudenten worden voorlichters en student-ambassadeurs (student-assistenten) ingezet vanuit de faculteiten.
In het kader van de kwaliteitszorg beschikt de Honours Academy over diverse organen en procedures. Samenwerkingsafspraken, regels en procedures zijn vastgelegd in de Gemeenschappelijke Regeling, het Reglement van de Honours Academy, het Onderwijsreglement en de Regels & Richtlijnen van de HA-examencommissie.
Het bestuur van de Honours Academy laat zich over beleidsvraagstukken adviseren door Adviesraden en de Honours Council bestaande uit docenten, studenten en (externe) experts.
Onderwijsadviescommissies, bestaande uit studenten en docenten, zien toe op de kwaliteit van het onderwijs door onder meer onderwijsevaluaties te bespreken. De functie van onderwijsadviescommissie binnen het Honours College wordt door de faculteiten op verschillende manieren ingevuld. De HC-coördinator heeft een Educational Consultancy Committee opgericht, waarin studenten uit alle trajecten meedenken en adviseren over HC-brede onderwerpen. Iedere Honours Class wordt geëvalueerd door middel van een schriftelijke enquête die aan het einde van de collegereeks aan de deelnemende studenten wordt voorgelegd.
De Honours Academy heeft een overkoepelende examencommissie met drie kamers (Pre-University College, Bachelor Honours College en Master’s honoursonderwijs). De overkoepelende examencommissie reflecteert op haar werkzaamheden in een eigen jaarverslag, dat begin 2023 wordt opgeleverd. Faculteiten hebben ieder een traject-examencommissie voor het Honours College.