De Honours Academy biedt aan iedere doelgroep langdurige programma’s (een college jaar of meer) en kortdurende modules van enkele weken of maanden. Aan de langdurige programma’s zijn ingangseisen gekoppeld waaronder een cijfergemiddelde. In het selectieproces wordt waar mogelijk gestuurd op diversiteit in de deelnemersgroep. De kortlopende onderdelen zijn breder toegankelijk; selectie vindt plaats op basis van motivatie.
In 2022 was het onderwijsaanbod van de Honours Academy als volgt:
Voor vwo-scholieren biedt de Honours Academy drie programma’s aan: het tweejarige Pre-University College in Leiden, het eenjarig Pre-University College in Den Haag en de Pre-University Classes . Deze programma's zijn gericht op scholieren die op zoek zijn naar meer uitdaging naast hun schoolopleiding en interesse hebben in de wetenschap.
Bachelorstudenten kunnen zich aanmelden voor het Honours College (HC); een extracurriculair programma van (minimaal) 30 EC dat zij tot het einde van hun bacheloropleiding volgen. Elke faculteit biedt een HC-traject aan. HC-deelnemers volgen minimaal één Bachelor Honours Class als onderdeel van hun honoursprogramma. Ook reguliere derdejaars bachelorstudenten kunnen zich aanmelden voor een Bachelor Honours Class.
Nieuw in 2022-2023 is het eenjarige Bachelor Honours Programme Sustainability (15 EC) dat is ontwikkeld vanuit een samenwerking tussen de Honours Academies van de Universiteit Leiden, de Technische Universiteit Delft en de Erasmus Universiteit Rotterdam (LDE). Studenten van de drie universiteiten volgen het programma gezamenlijk. Het doel van het programma is om studenten de kennis en de vaardigheden aan te reiken om een bijdrage te leveren aan een duurzame samenleving.
Voor masterstudenten is er het eenjarige extracurriculaire Leiden Leadership Programme (LLP) dat zich richt op persoonlijke ontwikkeling en het ontplooien van samenwerkingsvaardigheden, mede in de context van de praktijk van een externe professionele organisatie. Master Honours Classes zijn er voor studenten die zich naast hun reguliere opleiding interdisciplinair willen verdiepen in maatschappelijke vraagstukken.
Vanaf het academisch jaar 2021-2022 biedt de Honours Academy Impact Challenges aan. Deze zijn toegankelijk voor derdejaars bachelor- en masterstudenten en richten zich op een praktijkopdracht in samenwerking met externe organisaties.
De vaardigheidsmodule Designing your Life is de verkorte vorm van de gelijknamige Honours Class en is toegankelijk voor alle master- en derdejaars bachelorstudenten.