De Honours Academy vindt het uitermate belangrijk dat het honoursonderwijs van hoge kwaliteit is en dat docenten, studenten, ondersteunende staf en partnerorganisaties betrokken zijn bij de continue verbetercyclus. In het kader van de kwaliteitszorg beschikt de Honours Academy dan ook over diverse organen en procedures. Samenwerkingsafspraken, regels en procedures zijn vastgelegd in de Gemeenschappelijke Regeling, het Reglement van de Honours Academy, het Onderwijsreglement en de Regels & Richtlijnen van de HA-examencommissie. 

Het bestuur van de Honours Academy laat zich over beleidsvraagstukken adviseren door de Honours Council bestaande uit de Facultary Honours Representatives. De Leidse assessoren adviseren het bestuur van de HA vanuit het studentenperspectief. 

Via schriftelijke onderwijsevaluaties en onderwijsadviescommissies geven studenten feedback op de onderwijsprogramma’s. Voor het Honours College is een Educational Consultancy Committee opgericht, waarin studenten uit alle trajecten meedenken en adviseren over HC-brede onderwerpen. 

De Honours Academy heeft een overkoepelende examencommissie met drie kamers (Pre-University College, Bachelor Honours College en Master’s honoursonderwijs). De overkoepelende examencommissie reflecteert op haar werkzaamheden in een eigen jaarverslag, dat begin 2024 wordt opgeleverd. Faculteiten hebben ieder een traject-examencommissie voor het Honours College.