De organisatie van het honoursonderwijs ligt deels bij de faculteiten en deels bij de Honours Academy. De Honours Academy organiseert het onderwijs voor vwo-scholieren, de Bachelor Honours Classes en het honoursonderwijs voor masterstudenten.
De organisatie van de honourstrajecten voor bachelorstudenten ligt bij de faculteiten. Daartoe heeft iedere faculteit honourscoördinatoren en studentbegeleiders/coaches in dienst. Bovendien heeft iedere faculteit een Honours Representative: een senior docent, die boegbeeld is van het honoursonderwijs binnen de betreffende faculteit.
De Honours Academy is gevestigd in de Oude Sterrewacht. Zeventien medewerkers en drie student-assistenten zorgen voor de organisatie van de onderwijsprocessen. In 2024 bestond de formatie van de Honours Academy uit 13,95 fte (12,26 (O&O) OBP en 1,69 WP). Het HA-team organiseerde en faciliteerde het onderwijs voor ruim 2200 honoursstudenten en meer dan 250 docenten. Deze honoursstudenten behaalden ruim 13.000 honoursstudiepunten (EC).
De Honours Academy werkt aan honoursonderwijs van hoge kwaliteit en betrekt docenten, studenten, organiserende staf en partnerorganisaties bij de verbetercyclus. In het kader van de kwaliteitszorg beschikt de Honours Academy dan ook over diverse organen en procedures. Samenwerkingsafspraken, regels en procedures zijn vastgelegd in de Gemeenschappelijke Regeling, het Reglement van de Honours Academy, het Onderwijsreglement en de Regels & Richtlijnen van de HA-examencommissie.
Het bestuur van de Honours Academy laat zich over beleidsvraagstukken adviseren door de Honours Council bestaande uit de Facultary Honours Representatives. De Leidse assessoren adviseren het bestuur van de HA vanuit het studentenperspectief. Via schriftelijke onderwijsevaluaties en onderwijsadviescommissies geven studenten feedback op de onderwijsprogramma’s.
De Honours Academy heeft een overkoepelende examencommissie met drie kamers (Pre-University College, Bachelor Honours College en Master’s honoursonderwijs). De overkoepelende examencommissie reflecteert op haar werkzaamheden in een eigen jaarverslag. Faculteiten hebben ieder een traject-examencommissie voor het Honours College.
